ويجسد إنشاء جلالة الملك أمير المؤمنين لهذه المؤسسة، الوعي الثابت والعميق لجلالته بالأهمية التي تكتسيها الأواصر سواء الروحية أو التاريخية والثقافية التي تربط المغرب وإفريقيا، بالنظر إلى الارتباط الوثيق للمملكة بهذه القارة.
كما يأتي إنشاء هذه المؤسسة، من أجل حماية العقيدة الإسلامية والوحدة الروحية للشعوب الافريقية من كل النزاعات والتيارات والأفكار التضليلية التي تمس بقدسية الإسلام وتعاليمه ومقاصده.
وتتوخى هذه المؤسسة التي تتخذ من الرباط مقرا لها، أيضا تشجيع البحوث والدراسات في ما يخص الفكر والثقافة الاسلامية، رغبة من أمير المؤمنين في المحافظة على وحدة الدين الإسلامي وصد التيارات الفكرية والعقدية المتطرفة ، وفتح فرص لتبادل الآراء بين علماء القارة الإفريقية وتنمية مدارك الناس العلمية والمعرفية.
وستعمل هذه المؤسسة الفريدة من نوعها على الصعيد الإفريقي، على إحياء التراث الثقافي الإفريقي الإسلامي المشترك من خلال التعريف به ونشره والعمل على حفظه وصيانته.
كما تسعى المؤسسة ذاتها إلى توطيد العلاقات التاريخية التي تجمع المغرب وباقي دول إفريقيا والعمل على تطويرها والتشجيع على إقامة المراكز والمؤسسات الدينية والعلمية والثقافية في القارة.
وستحرص ايضا على تنشيط الحركة الفكرية والعلمية والثقافية في المجال الإسلامي، وربط الصلات وإقامة علاقات التعاون مع الجمعيات والهيئات ذات الاهتمام المشترك على صعيد القارة الإفريقية.